1、辦公室。負責會議組織、文電管理、信訪信息、秘書事務等和機關日常政務以及機關財務、資產管理、聯絡接待、保密保衛等行政事務；負責機關綜合協調、督查督辦和宣傳調研工作；負責機關內部規章制度建設並組織實施。

　　2、規劃計劃處。擬定全省水利發展戰略、流域規劃、中長期發展規劃和年度計劃；組織擬定水長期供求計劃；負責重點水利水電建設項目建議書的立項審查及可行性研究報告、初步設計的初審工作；負責全省水利綜合統計工作。

　　3、水政水資源處(黑龍江省節約用水辦公室)。擬定水利法制建設規劃；研究提出全省水利方面的方針政策，擬定有關規章制度和改革方案；實施指導水政監察和水行政執法工作；承辦跨行政區劃的水事糾紛協調工作；承辦水利廳行政訴訟、行政復議和普法教育工作；承辦全省水資源的統一規劃、管理和保護工作；組織實施取水許可制度和水資源費征收制度；制定全省江河跨行政區劃水量分配方案並組織實施；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制，組織監測江河湖庫的水質，審核水域納污能力，提出限制排污總量的意見；指導全省計劃用水、節約用水和城市供水的水源規劃工作。

　　4、財務審計處。指導水利行業財務會計管理；籌措水利建設基金，對全省水利資金的使用進行宏觀調節；研究提出有關水利價格、收費、財務等經濟調整意見；指導監督廳直屬單位、水利系統財務工作和國有資產保值增值工作；負責國家及省水利投資項目和廳直屬單位有關經濟活動的審計工作。

　　5、科技外事處。制定全省水利科學技術發展規劃，組織水利科學技術研究和推廣；組織擬訂全省水利行業質量標准和水利工程的規范規程；指導廳屬科研機構的工作；指導全省水利行業對外經濟技術合作和科技交流等外事工作。

　　6、建設處。組織協調全省重點水利水電工程建設；對全省水利基本建設進行行業管理；主管全省水利水電工程建設的招標投標、質量監督、建設監理工作；負責重點水利水電工程竣工驗收工作；負責水利勘測設計管理工作。

　　7、水利管理處。負責全省主要江河、湖泊、水庫及與其有關水域、水工程的管理與保護；組織指導江河湖泊和水利工程的防洪安全管理；負責對全省水庫大壩安全實施監督管理；負責河道采砂管理工作。

　　8、農村水利處。制訂全省農村水利建設發展規劃並組織實施；組織指導全省機電井、防病改水、旱田節約用水等農村水利工作；研究制定全省農村水利建設投資、投勞及農田水利工程建設、管理、使用等有關政策；指導農田水利基本建設、農村節水和水利社會化服務體系建設工作。

　　9、水土保持處。負責全省水土保持工作，貫徹執行國家和省有關水土保持的法律法規、方針政策；制訂全省水土保持工程措施規劃並組織實施；組織水土流失的監測；協調處理因水土流失危害造成糾紛和重大賠償責任問題。

　　10、人事勞資教育處。負責機關、直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資和廳管乾部管理工作；制定並組織實施水利系統教育、培訓規劃；指導水利行業職工隊伍建設和高等教育、成人教育和職業技術教育工作。

　　11、省人民政府防汛抗旱指揮部辦公室。省人民政府防汛抗旱指揮部辦公室設在省水利廳，負責組織全省防汛抗旱工作，承辦省人民政府防汛抗旱指揮部的日常工作；按照省人民政府防汛抗旱指揮部的指示，統一調控和調度全省水利、水電設施的水量。

　　12、離退休乾部工作處。負責廳機關離退休乾部管理與服務工作，指導廳直屬單位離退休乾部工作。

　　13、機關黨委。按黨章規定設置，負責機關及直屬單位的黨群工作。

　　其他事項

　　1、取水許可證由水利部門實施統一管理，不再授權其他部門頒發。

　　2、關於礦泉水、地熱水管理職責分工，按照《中央機構編制委員會辦公室關於礦泉水、地熱水管理職責分工問題的通知》(中編辦發[1998]14號)規定執行。

　　3、撤銷省防汛通信調度中心、省邊境河流護岸工程管理站，成立黑龍江省防汛抗旱保障中心，按處級事業單位管理。省防汛抗旱保障中心的主要職責任務是：收集整理防汛抗旱信息；為防汛抗旱工作提供通信保障和技術服務；儲備、發放防汛抗旱物資；管理全省邊境河流河道工程。